Pada tahun 2007 Kolese Kanisius genap berusia 80 tahun. Lembaga pendidikan SMP-SMA ini dikelola oleh Ordo Serikat Yesus yang dikenal dengan sebutan Yesuit. Semenjak pendiriannya pada tahun 1927, senantiasa berlandaskan pada semangat pelindungnya yaitu Santo Petrus Kanisius (8 Mei 1521 sd. 21 Desember 1597). Seorang pendidik ulung yang mengedepankan semangat “Persevera” (Perseverence), yaitu bertekun dan tegar untuk maju berkembang. Semangat yang harus dimiliki oleh setiap Kanisian (sebutan untuk peserta didik / alumni Kanisius), yang semuanya adalah laki-laki, agar menjadi pribadi yang berguna bagi sesama. “To be men for and with others”
Sangat kentara bahwa dengan landasan Persevera, Kolese Kanisius memberikan pendampingan kepada peserta didik dengan mengutamakan pendidikan karakter tanpa mengabaikan pendidikan intelektualitas.
Kolese Kanisius berkeyakinan bahwa bangsa Indonesia membutuhkan pribadi yang berkarakter, secara khusus yang menjunjung tinggi nilai kejujuran, itulah yang ingin disumbangkan oleh Kolese Kanisius.
Oleh karena itu, Kolese Kanisius memberikan banyak kesempatan berlatih kepada peserta didik dalam berbagai bidang yang meliputi seni; terampil dan apresiatif, olah raga: terampil dan sehat, organisasi: mampu memimpin/dipimpin dan melayani, spiritualitas: refleksif dan mempunyai relasi dengan Yang Ilahi, akademi: terampil dan penalaran. Agar seluruh proses pendidikan senantiasa menjawab kebutuhan jaman, sarana prasaranapun diusahakan memenuhi tuntutan itu.
Proses mengajar-belajar di Kolese Kanisius bertumpu dan bermuara pada Visi: Menjadikan Kolese Kanisius sebagai pusat keunggulan pelayanan pendidikan bagi para calon pemimpin yang beriman, dengan Misi: Sebagai sekolah, mengusahakan agar peserta didik memiliki 3-C, yaitu competence (kecerdasan), conscience (hati nurani) dan compassion (kepedulian) dengan gembira. Sebagai sekolah Katolik, mengusahakan agar peserta didik terbiasa berefleksi, merasakan cinta kasih Tuhan dan berjuang demi lebih besarnya kemuliaan Tuhan dalam pelayanannya kepada sesama, terutama yang membutuhkan, sebagai sekolah Indonesia, mengusahakan agar peserta didik terus menerus mencari kebenaran dengan jujur, mengkomunikasikan dan menerapkannya demi perkembangan sesama , lingkungan hidup, bangsa dan budaya Indonesia.